Научная деятельность кафедры сконцентрирована вокруг актуальных проблем инженерной и пищевой биотехнологии. Учебный процесс тесно связан с выполнением научно-исследовательских работ на кафедре. Начиная со 2 курса, студенты привлекаются к работе над научными проектами, которыми занимается кафедра. Все исследования финансируются из различных источников, включая хоздоговора с ведущими профильными предприятими. Основные тематики научно-исследовательских работ кафедры:

​

• Глубокая биотехнологическая переработка вторичных сырьевых растительных ресурсов;

• Биотехнология функциональных напитков;

• Синтез и выделение биологически активных соединений;

• Инициативная госбюджетная НИР «Применение замещенных ацеталей в синтезе производных азотсодержащих гетероциклических соединений», Рег. №01201151917 от 09.02.2011 г.;

• Разработка и совершенствование технологий виноградного и плодового виноделия применительно к процессам коррекции и стабилизации цвета;

• Разработка технологии культивирования базидиальных грибов рода Lentinula edodes, Grifola frondosa, Ganoderma, Armillaria mellea.